化学

化合物データベースChemSpiderをpythonで使いこなす

これまでに非常に多くの化合物が単離または合成されており,その化学的性質に関する膨大な知見が蓄積されています.これら化合物の情報を一カ所に集めたものが化学データベースになります.今回とりあげるChemSpiderもそういったデータベースのうちの1つです. この記事では英国化学会(...
化学

分子モデルの種類:CPKから針金モデルまで

みなさんは2次元で書かれたものを頭の中で立体的に思い描くことが得意でしょうか?私も含めて,多くの人にとっては立体構造を頭の中で理解することは困難だと思います. ほとんどの化合物は3次元に広がっています.従って化合物の3次元構造を理解するために,立体化学を視覚化することはとても重...
2019.01.04
化学

py3Dmolを使って化学構造をJupyter上で美しく表示する

「RDKitによる3次元構造の生成」という記事でJupyterノートブック上で化合物の3次元構造を表示するにはpy3Dmolというライブラリを利用するのが流行っていると述べました.実際にpythonのケモインフォマティクス用ライブラリであるrdkitのIPythonConsole...
化学

RDKitでの構造式描画を詳しく解説

構造式を2次元に描画することは人間が分子の形・性質を理解する第一歩です.これまで「RDKitの分子Molオブジェクトを扱う」という記事ではRDKitにおける分子の扱い方や描画方法を学びました. また「RDKitを用いた部分構造検索とMCSアルゴリズム」という記事では複数分子の間...
2020.05.04
化学

RDKitを用いた部分構造検索とMCSアルゴリズム

「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子のフィンガープリントを導入することで,分子同士の類似度を評価しました.また原子ごとの寄与度を類似度マップを用いて可視化する方法を「RDKitの類似度マップを用いて原子ごとの寄与を可視化する」という記事で学...
化学

RDKitの類似度マップを用いて原子ごとの寄与を可視化する

「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子の特徴を表現するフィンガープリントについて学び,タニモト係数などを利用して分子同士の類似度を判定する方法を学びました.さらには原子ごとの類似度への寄与率を類似度マップを用いて可視化する方法も扱いました. ...
2020.05.04
化学

RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定

pythonの代表的なケモインフォマティクスライブラリであるRDKitを用いて,これまで本ブログでは化合物の性質を表現するための分子記述子について学んできました. 「RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ」 「RDKitで立体的な分子の形を記述す...
2020.04.12
化学

RDKitで立体的な分子の形を記述する

「RDKitのおける記述子の扱い方をリピンスキーのルール・オブ・ファイブを通して学ぶ」という記事では,分子の性質を表現する指標として記述子(デスクリプター)について説明し,RDKitを用いて実際に計算を行ってみました.その際に扱った記述子は分子量や水素結合ドナーの数など,2次元の...
2018.10.16
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