化学

RDKitでの構造式描画を詳しく解説

構造式を2次元に描画することは人間が分子の形・性質を理解する第一歩です.これまで「RDKitの分子Molオブジェクトを扱う」という記事ではRDKitにおける分子の扱い方や描画方法を学びました. また「RDKitを用いた部分構造検索とMCSアルゴリズム」という記事では複数分子の間の...
化学

RDKitを用いた部分構造検索とMCSアルゴリズム

「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子のフィンガープリントを導入することで,分子同士の類似度を評価しました.また原子ごとの寄与度を類似度マップを用いて可視化する方法を「RDKitの類似度マップを用いて原子ごとの寄与を可視化する」という記事で学...
化学

RDKitの類似度マップを用いて原子ごとの寄与を可視化する

「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子の特徴を表現するフィンガープリントについて学び,タニモト係数などを利用して分子同士の類似度を判定する方法を学びました.さらには原子ごとの類似度への寄与率を類似度マップを用いて可視化する方法も扱いました.今...
2018.11.04
化学

RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定

pythonの代表的なケモインフォマティクスライブラリであるRDKitについて,これまで化合物の性質を表現するために記述子について学びました. 「RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ」 「RDKitで立体的な分子の形を記述する」 記述子は芳...
2018.11.04
化学

RDKitで立体的な分子の形を記述する

「RDKitのおける記述子の扱い方をリピンスキーのルール・オブ・ファイブを通して学ぶ」という記事では,分子の性質を表現する指標として記述子(デスクリプター)について説明し,RDKitを用いて実際に計算を行ってみました.その際に扱った記述子は分子量や水素結合ドナーの数など,2次元の...
2018.10.16
化学

RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ

pythonでケモインフォマティクスを行う際の定番であるRDKitについて,これまで4つのエントリーに分けて基礎から使い方を説明してきました. RDKitでケモインフォマティクスに入門 RDKitの分子Molオブジェクトを扱う RDKitによる3次元構造の生成 RDKitによ...
化学

RDKitによるコンフォマーの生成

「RDKitによる3次元構造の生成」という記事ではSMILESなどから作成したMolオブジェクトから,どのように3次元構造を作り出すかを学びました.その際にRDKitに実装されているアルゴリズムはランダム(stochastic)な手法であるディスタンス・ジオメトリー法を基にしてい...
2019.08.18
化学

RDKitによる3次元構造の生成

「RDKitの分子Molオブジェクトを扱う」という記事では,RDKitの分子であるMolオブジェクトを用いて2次元構造の取得と描画方法について学んできました.今回はそれを3次元構造へと展開していきます. ほぼ全ての分子は立体的な性質を持ちますから,分子を3次元で考えることは大切...
2019.08.17
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