01_計算化学

計算化学に関する記事を書いています。特にpythonの量子化学計算用ライブラリであるPsi4の使い方について解説しています

【まとめ】Psi4の使い方
本ブログではPythonのオープンソースライブラリであるPsi4を用いて,量子化学計算の初心者を対象にした記事を多数用意しています。 記事の内容を一つずつ習得することで,知識・経験ゼロの状態から徐々にステップアップしていくことで,量子化学計算の基本コンセプトが習得できるように構成...
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量子化学計算の入門書を執筆しました

自然科学関係の専門出版社であるコロナ社様よりお声がけ頂き,量子化学計算の初心者向け書籍「Pythonで動かして始める量子化学計算」を執筆しました。 話を頂いてから出版まで1年半以上も経ってしまいましたが,2024年3月15日より発売になっています。全国書店の実店舗ほか,コロナ社ウ...
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Google Colabでpsi4:量子化学計算用のpython環境を手軽に構築

本ブログでは「有機合成化学者のための計算化学入門」を掲げて,特にpythonを用いて量子化学計算を行う際に必要となる環境構築方法から解説してきました.例えば「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事では,pythonの量子化学計算用ライブラリであるpsi4のインストール...
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psi4で溶媒の直接関与を考慮する

「psi4で溶媒効果を考慮する:PCM Solverの使い方」という記事では, 計算化学で溶媒効果を考慮する方法の一つとして連続誘電体モデル psi4を用いてPCM Solverを使い,溶媒効果を考慮する方法 などについて紹介し,溶媒効果を考慮してどのように計算していくかを説明し...
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psi4で溶媒効果を考慮する:PCM Solverの使い方

これまで本ブログではpythonを用いて計算化学を学習するために,「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事から始め,いくつかの記事で量子化学計算用ライブラリpsi4の使い方を紹介してきました. これまでの計算は全て真空中での孤立分子を対象に行ってきました.このような限...
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psi4とCubeファイル:分子軌道や静電ポテンシャルマップの可視化

「計算化学における電荷:psi4を用いた電子密度解析」という記事では,波動関数から得られる情報として電子密度解析のやり方を説明しました.今回は波動関数から得られる他の情報として,分子軌道や静電ポテンシャルなどの対象分子を中心とした3次元空間に広がる情報を取り扱っていきます. 今回...
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psi4でIRC計算:固有反応座標で反応経路を求める

「psi4で遷移状態最適化:計算化学における虚振動と化学構造」という記事では,python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた遷移状態構造の最適化について学び,唯一の虚振動を可視化することで望みの構造を繋ぐ遷移状態であることを確かめました. 今回はIRC計算と呼ばれる計...
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psi4で遷移状態最適化:計算化学における虚振動と化学構造

「psi4における振動数計算:IRスペクトルや異性体間のエネルギー差を計算」という記事では,python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた振動数計算について説明しました.その際,振動数計算は最適化構造を用いて実施する必要があることを述べました.振動数計算によって用いた...
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psi4における振動数計算:IRスペクトルや異性体間のエネルギー差を計算

これまで本ブログでは量子化学計算用のpythonライブラリであるpsi4について,「計算化学にpythonとpsi4で入門」や「計算化学の構造最適化の基本をpsi4で学ぶ」という記事を通じて 計算のセットアップ方法 エネルギー計算 構造最適化計算 をはじめとする基本的な使い方を説...