01_計算化学

本ブログでは「有機合成化学者のための計算化学入門」を掲げて，特にpythonを用いて量子化学計算を行う際に必要となる環境構築方法から解説してきました．例えば「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事では，pythonの量子化学計算用ライブラリであるpsi4のインストール...

「psi4で溶媒効果を考慮する：PCMSolverの使い方」という記事では，計算化学で溶媒効果を考慮する方法の一つとして連続誘電体モデルpsi4を用いてPCMSolverを使い，溶媒効果を考慮する方法などについて紹介し，溶媒効果を考慮してどのように計算していくかを説明しました．例...

これまで本ブログではpythonを用いて計算化学を学習するために，「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事から始め，いくつかの記事で量子化学計算用ライブラリpsi4の使い方を紹介してきました．これまでの計算は全て真空中での孤立分子を対象に行ってきました．このような限定...

「計算化学における電荷：psi4を用いた電子密度解析」という記事では，波動関数から得られる情報として電子密度解析のやり方を説明しました．今回は波動関数から得られる他の情報として，分子軌道や静電ポテンシャルなどの対象分子を中心とした3次元空間に広がる情報を取り扱っていきます．今回の...

「psi4で遷移状態最適化：計算化学における虚振動と化学構造」という記事では，python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた遷移状態構造の最適化について学び，唯一の虚振動を可視化することで望みの構造を繋ぐ遷移状態であることを確かめました．今回はIRC計算と呼ばれる計算...

「psi4における振動数計算：IRスペクトルや異性体間のエネルギー差を計算」という記事では，python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた振動数計算について説明しました．その際，振動数計算は最適化構造を用いて実施する必要があることを述べました．振動数計算によって用いた...

これまで本ブログでは量子化学計算用のpythonライブラリであるpsi4について，「計算化学にpythonとpsi4で入門」や「計算化学の構造最適化の基本をpsi4で学ぶ」という記事を通じて計算のセットアップ方法エネルギー計算構造最適化計算をはじめとする基本的な使い方を説明してき...

計算化学では分子軌道を，構成原子の原子軌道の線形結合で表現します．これまでさまざまな原子軌道を表す関数が提唱されています．このような原子軌道を表す関数を基底関数（basisfunction）と呼び，その集まりを基底関数系（basisset）といいます．基底関数系は量子化学計算の精...