01_計算化学

計算化学に関する記事を書いています.特にpythonの量子化学計算用ライブラリであるpsi4の使い方について解説しています.

01_計算化学

psi4で溶媒の直接関与を考慮する

「psi4で溶媒効果を考慮する:PCM Solverの使い方」という記事では, 計算化学で溶媒効果を考慮する方法の一つとして連続誘電体モデル psi4を用いてPCM Solverを使い,溶媒効果を考慮する方法 などについて紹介し,溶媒効果を考慮してどのように計算していくか...
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psi4で溶媒効果を考慮する:PCM Solverの使い方

これまで本ブログではpythonを用いて計算化学を学習するために,「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事から始め,いくつかの記事で量子化学計算用ライブラリpsi4の使い方を紹介してきました. これまでの計算は全て真空中での孤立分子を対象に行ってきました.このよう...
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psi4とCubeファイル:分子軌道や静電ポテンシャルマップの可視化

「計算化学における電荷:psi4を用いた電子密度解析」という記事では,波動関数から得られる情報として電子密度解析のやり方を説明しました.今回は波動関数から得られる他の情報として,分子軌道や静電ポテンシャルなどの対象分子を中心とした3次元空間に広がる情報を取り扱っていきます. 今...
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psi4でIRC計算:固有反応座標で反応経路を求める

「psi4で遷移状態最適化:計算化学における虚振動と化学構造」という記事では,python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた遷移状態構造の最適化について学び,唯一の虚振動を可視化することで望みの構造を繋ぐ遷移状態であることを確かめました. 今回はIRC計算と呼ばれる...
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psi4で遷移状態最適化:計算化学における虚振動と化学構造

「psi4における振動数計算:IRスペクトルや異性体間のエネルギー差を計算」という記事では,python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた振動数計算について説明しました.その際,振動数計算は最適化構造を用いて実施する必要があることを述べました.振動数計算によって用いた...
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psi4における振動数計算:IRスペクトルや異性体間のエネルギー差を計算

これまで本ブログでは量子化学計算用のpythonライブラリであるpsi4について,「計算化学にpythonとpsi4で入門」や「計算化学の構造最適化の基本をpsi4で学ぶ」という記事を通じて 計算のセットアップ方法 エネルギー計算 構造最適化計算 をはじめとする基本的な使...
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Basis Set Exchangeは基底関数系に関するデータベース:pythonとpsi4を用いてECPを自在に扱う

計算化学では分子軌道を,構成原子の原子軌道の線形結合で表現します.これまでさまざまな原子軌道を表す関数が提唱されています.このような原子軌道を表す関数を基底関数(basis function)と呼び,その集まりを基底関数系(basis set)といいます. 基底関数系は量子化学...
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psi4で分子間相互作用エネルギーの計算:超分子法と基底関数重なり誤差

分子間の結合の生成やリガンドの受容体への結合を始めとする興味深い化学現象は分子同士の相互作用を駆動力として生じます.そのため分子間相互作用を理解することは重要であり,計算化学を用いることでその理解を深めることができます. 今回は2つの分子の会合体形成を例として,計算化学を用い...
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