02_ケモインフォマティクス

py3Dmolを使って化学構造をJupyter上で美しく表示する

「RDKitによる3次元構造の生成」という記事でJupyterノートブック上で化合物の3次元構造を表示するにはpy3Dmolというライブラリを利用するのが広く使われるようになってきていると述べました.実際にpythonのケモインフォマティクス用ライブラリであるrdkitのIPyt...
2021.01.24
02_ケモインフォマティクス

RDKitでの構造式描画を詳しく解説

構造式を2次元に描画することは人間が分子の形・性質を理解する第一歩です.これまで「RDKitの分子Molオブジェクトを扱う」という記事ではRDKitにおける分子の扱い方や描画方法を学びました. また「RDKitを用いた部分構造検索とMCSアルゴリズム」という記事では複数分子の間...
02_ケモインフォマティクス

RDKitを用いた部分構造検索とMCSアルゴリズム

「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子のフィンガープリントを導入することで,分子同士の類似度を評価しました.また原子ごとの寄与度を類似度マップを用いて可視化する方法を「RDKitの類似度マップを用いて原子ごとの寄与を可視化する」という記事で学...
02_ケモインフォマティクス

RDKitの類似度マップを用いて原子ごとの寄与を可視化する

「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子の特徴を表現するフィンガープリントについて学び,タニモト係数などを利用して分子同士の類似度を判定する方法を学びました.さらには原子ごとの類似度への寄与率を類似度マップを用いて可視化する方法も扱いました. ...
02_ケモインフォマティクス

RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定

pythonの代表的なケモインフォマティクスライブラリであるRDKitを用いて,これまで本ブログでは化合物の性質を表現するための分子記述子について学んできました. 「RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ」 「RDKitで立体的な分子の形を記述す...
2021.01.23
02_ケモインフォマティクス

RDKitで立体的な分子の形を記述する

「RDKitのおける記述子の扱い方をリピンスキーのルール・オブ・ファイブを通して学ぶ」という記事では,分子の性質を表現する指標として記述子(デスクリプター)について説明し,RDKitを用いて実際に計算を行ってみました.その際に扱った記述子は分子量や水素結合ドナーの数など,2次元の...
2021.01.17
02_ケモインフォマティクス

RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ

RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ pythonでケモインフォマティクスを行う際の定番であるRDKitについて,これまで4つのエントリーに分けて基礎から使い方を説明してきました. RDKitでケモインフォマティクスに入門 RDKitの分子Mol...
2021.01.16
02_ケモインフォマティクス

RDKitによるコンフォマーの生成

「RDKitによる3次元構造の生成」という記事ではSMILESなどから作成したMolオブジェクトから,どのように3次元構造を作り出すかを学びました.その際にRDKitに実装されているアルゴリズムはランダム(stochastic)な手法であるディスタンス・ジオメトリー法を基にしてい...
2021.01.16
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