化学

RDKitの分子Molオブジェクトを扱う

「RDKitでケモインフォマティクスに入門」という記事では,RDKitの分子であるMolオブジェクトの作成方法を中心に学習しました.今回はそのMolオブジェクトに対してどのような操作が行えるかを学んでいきます. 必要なライブラリのインポート まずは必要なライブラリをimpor...
2018.08.04
化学

RDKitでケモインフォマティクスに入門

ケモインフォマティクスとは化学情報学とも呼ばれる分野で,コンピュータ・情報科学を用いて化学上の問題を取り扱う学問領域になります.そのためにはコンピュータで化合物の構造・性質などを取り扱う必要がありますが,人間とコンピュータでは化合物の認識方法が異なってきますので,専用のソフトウェ...
2018.12.03
python

化合物データベースPubChemをpythonで使いこなす

これまでに非常に多くの化合物が単離または合成されており,その化学的性質に関する膨大な知見が蓄積されています.これら化合物の情報を一カ所に集めたものが化学データベースになります.今回とりあげるPubChemもそういったデータベースのうちの1つです. この記事ではpythonを使っ...
2018.09.10
python

Scipyの統計モジュールstatsで統計分布を使いこなす

「NumPyのrandomルーチンでいろいろな乱数を生成する」という記事では,numpy.randomに実装されている統計分布からのサンプリングについて扱いました. 統計分布についてにはscipy.statsに一通り確率密度関数から検定までが実装されています.今回はその中から統...
2018.08.14
python

NumPyのrandomルーチンでいろいろな乱数を生成する

NumPyのrandomモジュールを使うことで,様々な形の乱数を発生させることができます.このエントリーではnumpy.randomの基本的な使い方について記していきます.よく使う機能に絞って簡潔に説明していきますので,詳細はnumpy randomモジュールの公式ドキュメント...
2018.09.03
生涯学習

実験系化学者が数学に再入門:5ヶ月経過

2018年は数学の苦手意識を取り払うと決心した,実験系化学者による記録です. モチベーション 面白そうな論文を開いては数式を目の当たりにして,そっとPDFを閉じる.高校時代は数学が得意だったはずなのに,大学に入って以来すっかり苦手意識がしみついてしまった.もう一歩踏み込んだ研...
2018.07.16
python

pythonで統計学基礎:03 検定・分散分析

前回までに引き続き,ハンバーガー統計学をpythonで進めることで,基本的な統計学の内容をどのようにpythonで表現していくかを学びます.今回はχ二乗検定,t検定,一元配置分散分析を扱います. これまでの記事はこちらです. - 「pythonで統計学基礎: 01 平均と分散」 ...
2018.08.14
python

pythonで統計学基礎:02 信頼区間・t分布

前回の「pythonで統計学基礎: 01 平均と分散」という記事では平均・分散などの基本的な統計量をpythonを用いて,特にpandasを使うことでどのように扱うかを学びました.続いてpandasの機能を使うことで度数分布表やヒストグラムが容易に作成できることを見てきました...
2018.09.17
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