02_ケモインフォマティクス ESP-Simで分子の電子的性質に着目した類似性を評価する
「類似した化合物は似た性質を持つ（similarpropertyprinciple）」ことから，我々は類似化合物に興味があります．そのためケモインフォマティクスでは化合物の類似性を評価する様々な手法が開発されてきました．もっともよく使われる手法は，「RDKitでフィンガープリント...
02_ケモインフォマティクス 
02_ケモインフォマティクス RDKitのxyz2molでケモインフォマティクスと計算化学の橋渡し
我々が化合物を扱う際に用いている構造式は，人間の目にはわかりやすいですがコンピュータにはわかりにくいものです．そのためコンピュータにわかりやすい形式で化合物を表現してあげることが重要となりますが，用途によって望ましい形式が変わってきます．例えばケモインフォマティクスのように分子を...
01_計算化学 Google Colabでpsi4：量子化学計算用のpython環境を手軽に構築
本ブログでは「有機合成化学者のための計算化学入門」を掲げて，特にpythonを用いて量子化学計算を行う際に必要となる環境構築方法から解説してきました．例えば「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事では，pythonの量子化学計算用ライブラリであるpsi4のインストール...
01_計算化学 psi4で溶媒の直接関与を考慮する
「psi4で溶媒効果を考慮する：PCMSolverの使い方」という記事では，計算化学で溶媒効果を考慮する方法の一つとして連続誘電体モデルpsi4を用いてPCMSolverを使い，溶媒効果を考慮する方法などについて紹介し，溶媒効果を考慮してどのように計算していくかを説明しました．例...
01_計算化学 psi4で溶媒効果を考慮する：PCM Solverの使い方
これまで本ブログではpythonを用いて計算化学を学習するために，「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事から始め，いくつかの記事で量子化学計算用ライブラリpsi4の使い方を紹介してきました．これまでの計算は全て真空中での孤立分子を対象に行ってきました．このような限定...
01_計算化学 psi4とCubeファイル：分子軌道や静電ポテンシャルマップの可視化
「計算化学における電荷：psi4を用いた電子密度解析」という記事では，波動関数から得られる情報として電子密度解析のやり方を説明しました．今回は波動関数から得られる他の情報として，分子軌道や静電ポテンシャルなどの対象分子を中心とした3次元空間に広がる情報を取り扱っていきます．今回の...
01_計算化学 psi4でIRC計算：固有反応座標で反応経路を求める
「psi4で遷移状態最適化：計算化学における虚振動と化学構造」という記事では，python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた遷移状態構造の最適化について学び，唯一の虚振動を可視化することで望みの構造を繋ぐ遷移状態であることを確かめました．今回はIRC計算と呼ばれる計算...
01_計算化学 psi4で遷移状態最適化：計算化学における虚振動と化学構造
「psi4における振動数計算：IRスペクトルや異性体間のエネルギー差を計算」という記事では，python用量子化学計算ライブラリであるpsi4を用いた振動数計算について説明しました．その際，振動数計算は最適化構造を用いて実施する必要があることを述べました．振動数計算によって用いた...