化学

BCUTは分子のグラフ構造を基にした2D記述子

「化合物の隣接行列,距離行列,Wiener指数:RDKitを用いたグラフの扱い方」という記事では,原子をノード,結合をエッジとみなしたグラフとして分子を考え,RDKitを用いたグラフの扱い方について説明しました.また分子のグラフ表現から得られる2D記述子についても触れました....
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化合物の隣接行列,距離行列,Wiener指数:RDKitを用いたグラフの扱い方

「MOLファイル・SDFとはどんな化学情報ファイルなのか?」という記事では,原子をノード,結合をエッジと見なすことで分子はグラフと考えられることに触れました.またどの原子とどの原子の間に結合が存在するかをリストとして管理する「結合リスト」について説明しました. グラフ構造は...
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Basis Set Exchangeは基底関数系に関するデータベース:pythonとpsi4を用いてECPを自在に扱う

計算化学では分子軌道を,構成原子の原子軌道の線形結合で表現します.これまでさまざまな原子軌道を表す関数が提唱されています.このような原子軌道を表す関数を基底関数(basis function)と呼び,その集まりを基底関数系(basis set)といいます. 基底関数系は量子化学...
化学

psi4で分子間相互作用エネルギーの計算:超分子法と基底関数重なり誤差

分子間の結合の生成やリガンドの受容体への結合を始めとする興味深い化学現象は分子同士の相互作用を駆動力として生じます.そのため分子間相互作用を理解することは重要であり,計算化学を用いることでその理解を深めることができます. 今回は2つの分子の会合体形成を例として,計算化学を用い...
化学

クーロン行列は分子の回転・並進操作に不変な化合物の表現法

分子構造を何らかの形でコンピュータが扱える形へと変換することが化学情報学の第一歩です.現状では化合物の有する情報を全て取り込むことが可能な表現方法は知られていませんから,その後の分析の興味によって,化合物のどの情報を残しどの情報を捨てるかを決めた上で.変換する必要があります. ...
化学

アトムペアやドナーアクセプターペアフィンガープリントは分子の形状を捉えた化学表現

「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では,ケモインフォマティクス用ライブラリであるRDKitで利用可能な分子フィンガープリントについて説明しました. ECFP4(Morganフィンガープリント)などのCircularフィンガープリントでは,着...
化学

化学系深層学習入門:Tensorflow2で始めるディープラーニング

これまでケモインフォマティクス用ライブラリであるRDKitを用いて,分子記述子やフィンガープリントを用いた化合物のベクトル化方法を学んできました. また分子のベクトル表現を入力として,いくつかの機械学習アルゴリズムを用いた変異原性や溶解度の予測モデル作成も行いました. 今...
化学

Tox21は米国の大規模毒性学プロジェクト:HTSによるアッセイ結果は機械学習コンペで用いられたデータセット

これまで本ブログでは, 「ケミカルスペースプロジェクトとGDBデータベース」 「QM9は量子化学計算に基づいた機械学習用の大規模データセット」 「DrugBankは承認済み医薬品のデータベース:主成分分析によるドラッグライクケミカルスペースの可視化」 などの記事で,ケモイ...
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