化学の新しいカタチ

ほとんどの分子は３次元空間に広がった立体構造を有していますので，分子の３次元構造を表記することが重要になります．そのために使われる表現方法として大きく直交座標系に沿った表現内部座標に基づいた表現の２つの座標系の取り方が考えられます．今回はこの２つの方法について見ていきたいと思いま...

分子全体の特徴を表現する方法として，「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子のフィンガープリントを導入し，タニモト係数を用いて類似性の評価などに利用可能であることを述べました．またRDKitで用いることのできるフィンガープリントの種類についても...

当サイトではこれまで多数の記事でケモインフォマティクス用のライブラリであるRDKitの使い方を説明してきました．これまで扱った内容は化合物の表現方法，構造，性質をはじめとして多岐にわたりますが，主に化合物1つ1つを，時には集団として，どのように扱うかに焦点を当ててきました．今回は...

当サイトでは「有機合成化学者のためのケモインフォマティクス入門」を掲げています．高価なソフトを使うこと無く学習をはじめられるように，これまでpythonのケモインフォマティクスライブラリである「RDKit」の解説を，「RDKitでケモインフォマティクスに入門」という記事から10回...

ケモインフォマティクスではコンピュータで化学構造を扱います．我々が普段扱っている構造式はコンピュータに優しくないため，必然的に別のフォーマットに変換して処理させることになります．「MOLファイル・SDFとはどんな化学情報ファイルなのか？」という記事では「コネクションテーブル」に基...

我々が普段使っている化学構造式は，コンピュータにとっては理解しにくいものです．そのため，コンピュータ上で構造情報を扱う際には，コンピュータに優しい方法に構造情報を変換したうえで扱う必要があります．「MOLファイル・SDFとはどんな化学情報ファイルなのか？」という記事では，そのよう...

我々の目はモノの形やパターンを読み取る能力に優れています．化学者が用いる構造式は人間の目で理解しやすいように設計された分子の表現です．例えば下のアスピリンの構造式を見るだけで，化学者は多くの情報を瞬時に理解できます．ところがコンピュータにとってはこのような構造式の画像ファイルはと...

本サイトでは「有機合成化学者のためのケモインフォマティクス入門」を掲げて，高価なソフトウェアを用意することなく学習がはじめられるようにプログラミング言語pythonとそのケモインフォマティクス用ライブラリーであるRDKitを用いた解説をおこなっています．「RDKitでフィンガープ...