02_ケモインフォマティクス

創薬化学の歴史において天然物は非常に重要な位置を占めています．現在でも多くの薬は天然物やその誘導体です．そのため過去には大手製薬会社は「天然物化学」部門を所有していましたが，スループットの低い天然物のスクリーニングは徐々に採算が合わなくなって閉鎖に追い込まれていきました．ところが...

我々が分子の類似性を評価する際には，「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事で見たように分子のフィンガープリントを基にしたタニモト係数で評価することが多いです．この方法自体には問題があるわけではありませんが，何をもって「似ている」とするかは場合によって...

「RDKitでRECAPを用いた分子のフラグメント化」，及び「RDKitでBRICSを用いた仮想ライブラリーの構築」という記事では化合物のde novoデザインの方法論の一つとして，ライブラリ中の化合物のフラグメント化を行うRECAPとBRICSを扱いました．これらの方法は医薬品...

「RDKitでRECAPを用いた分子のフラグメント化」という記事では，医薬品様化合物のフラグメント化方法としてRECAPと呼ばれる方法を扱いました．今回は同様に分子のフラグメント化アルゴリズムであるBRICS（Breaking of Retrosynthetically Inte...

数多くの化合物からライブラリーを構築する際には，なるべく幅広い生理活性をカバーできるように多様性に富んだ化合物で構築する既に見出した生理活性化合物の近傍の化合物で構築するといった考え方があります．前者の場合には「ケモインフォマティクスで多様なライブラリーを構築する」という記事で解...

ほとんどの分子は３次元空間に広がった立体構造を有していますので，分子の３次元構造を表記することが重要になります．そのために使われる表現方法として大きく直交座標系に沿った表現内部座標に基づいた表現の２つの座標系の取り方が考えられます．今回はこの２つの方法について見ていきたいと思いま...

分子全体の特徴を表現する方法として，「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子のフィンガープリントを導入し，タニモト係数を用いて類似性の評価などに利用可能であることを述べました．またRDKitで用いることのできるフィンガープリントの種類についても...

当サイトではこれまで多数の記事でケモインフォマティクス用のライブラリであるRDKitの使い方を説明してきました．これまで扱った内容は化合物の表現方法，構造，性質をはじめとして多岐にわたりますが，主に化合物1つ1つを，時には集団として，どのように扱うかに焦点を当ててきました．今回は...