02_ケモインフォマティクス

02_ケモインフォマティクス

色々な薬らしさの指標

低分子の医薬品(特に経口医薬品)の物理化学的パラメーターを調べてみると,比較的狭い範囲に分布していることが知られています.この範囲を「薬らしい(drug-like)」と呼びます. また数多くの低分子化合物を対象とした研究から,分子量,水素結合ドナーの数,疎水性といった指標が...
02_ケモインフォマティクス

RDKitのPAINSフィルターで化合物をスクリーニング

化合物ライブラリー中の大量の化合物から,どれをスクリーニングにかけるかはケモインフォマティクスにおける重要な課題です.本サイトでもこれまで 「RDKitで薬らしさを定量的に評価する」という記事で,開発可能性が高まるような化合物の基準 「ケモインフォマティクスで多様な化合物ライ...
02_ケモインフォマティクス

RDKitで薬らしさを定量的に評価する

1060以上と言われる広大なケミカルスペースの中から,なんらかの基準を用いることでより医薬品になりやすそうな化合物を選択し,優先的に評価を行っていくことが創薬研究においては大切です. 例えば「RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ」という記事で扱った「...
02_ケモインフォマティクス

ケモインフォマティクスで使われるファイル形式と化合物の描画方法

ケモインフォマティクスにおいてコンピュータで化合物を扱うためには,コンピュータが理解しやすい形式で化合物情報を伝える必要があります. 通常我々が使っている構造式は,人間の眼には視覚的にわかりやすい表現方法ですが,コンピュータにとってはわかりにくいため,別の表現方法が必要になりま...
02_ケモインフォマティクス

ケモインフォマティクスとLogP計算:CLogPのCは”calculated”ではありません

化合物の脂溶性は溶解性をはじめ,吸収・代謝などの薬物動態にも大きな影響を与える要素です.化合物の脂溶性を表す記述子はこれまでにいくつか知られていますが,最も用いられているものはオクタノール/水分配係数,logPです. LogPのPは分子の有機層(オクタノール層)と水層中の平...
02_ケモインフォマティクス

RDKitで化合物の芳香族度合を示す分子記述子を計算する

分子記述子とは分子の性質を決める指標のことです.特にケモインフォマティクスの分野では分子の構造から導くことが可能なものを記述子と呼ぶことが多いです. 一般的には,複数の記述子の組み合わせによって生理活性などの実験データを理解・予測するモデル(QSARモデル)の作成が記述子を用い...
02_ケモインフォマティクス

RDKitで天然物らしさをスコア化して化合物ライブラリーの指標にする

創薬化学の歴史において天然物は非常に重要な位置を占めています.現在でも多くの薬は天然物やその誘導体です. そのため過去には大手製薬会社は「天然物化学」部門を所有していましたが,スループットの低い天然物のスクリーニングは徐々に採算が合わなくなって閉鎖に追い込まれていきました....
02_ケモインフォマティクス

RDKitでFraggleを用いた化合物の類似度評価

我々が分子の類似性を評価する際には,「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事で見たように分子のフィンガープリントを基にしたタニモト係数で評価することが多いです. この方法自体には問題があるわけではありませんが,何をもって「似ている」とするかは場合...
タイトルとURLをコピーしました