01_計算化学 【HOMA】計算化学で化合物の芳香族性を評価する【NICS】
芳香族とは不思議な化合物です．「芳香族」という呼び名は，19世紀ごろ知られていた芳香をもつ化合物の共通構造であったことに由来します．匂い（芳香）は芳香族化合物の特性ではありません． またベンゼン環は代表的な芳香環ですが，ベンゼン環を有することが芳香族である条件ではありません．実際...
01_計算化学 
02_ケモインフォマティクス ケモインフォマティクスとLogP計算：CLogPのCは”calculated”ではありません
化合物の脂溶性は溶解性をはじめ，吸収・代謝などの薬物動態にも大きな影響を与える要素です．化合物の脂溶性を表す記述子はこれまでにいくつか知られていますが，最も用いられているものはオクタノール／水分配係数，logPです． LogPのPは分子の有機層（オクタノール層）と水層中の平衡状態...
02_ケモインフォマティクス RDKitで化合物の芳香族度合を示す分子記述子を計算する
分子記述子とは分子の性質を決める指標のことです．特にケモインフォマティクスの分野では分子の構造から導くことが可能なものを記述子と呼ぶことが多いです． 一般的には，複数の記述子の組み合わせによって生理活性などの実験データを理解・予測するモデル（QSARモデル）の作成が記述子を用いる...
02_ケモインフォマティクス RDKitで天然物らしさをスコア化して化合物ライブラリーの指標にする
創薬化学の歴史において天然物は非常に重要な位置を占めています．現在でも多くの薬は天然物やその誘導体です． そのため過去には大手製薬会社は「天然物化学」部門を所有していましたが，スループットの低い天然物のスクリーニングは徐々に採算が合わなくなって閉鎖に追い込まれていきました． とこ...
02_ケモインフォマティクス RDKitでFraggleを用いた化合物の類似度評価
我々が分子の類似性を評価する際には，「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事で見たように分子のフィンガープリントを基にしたタニモト係数で評価することが多いです． この方法自体には問題があるわけではありませんが，何をもって「似ている」とするかは場合によっ...
02_ケモインフォマティクス RDKitで合成難易度を評価して化合物をスクリーニング
「RDKitでRECAPを用いた分子のフラグメント化」，及び「RDKitでBRICSを用いた仮想ライブラリーの構築」という記事では化合物のde novoデザインの方法論の一つとして，ライブラリ中の化合物のフラグメント化を行うRECAPとBRICSを扱いました． これらの方法は医薬...
02_ケモインフォマティクス RDKitでBRICSを用いた仮想ライブラリーの構築
「RDKitでRECAPを用いた分子のフラグメント化」という記事では，医薬品様化合物のフラグメント化方法としてRECAPと呼ばれる方法を扱いました．今回は同様に分子のフラグメント化アルゴリズムであるBRICS（Breaking of Retrosynthetically Inte...
02_ケモインフォマティクス RDKitでRECAPを用いた分子のフラグメント化
数多くの化合物からライブラリーを構築する際には， なるべく幅広い生理活性をカバーできるように多様性に富んだ化合物で構築する 既に見出した生理活性化合物の近傍の化合物で構築する といった考え方があります．前者の場合には「ケモインフォマティクスで多様なライブラリーを構築する」という記...