01_計算化学

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計算化学における電荷:psi4を用いた電子密度解析

「計算手法とエネルギー・最適化構造の関係:コンフォメーション探索における注意点」という記事では,psi4を用いて様々な計算手法を用いてエネルギー計算を行うことで, 計算手法によって考慮できる相互作用が異なる ことを説明しました.その結果 構造最適化できないことがあ...
2021.12.30
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計算手法とエネルギー・最適化構造の関係:コンフォメーション探索における注意点

「RDKitを用いたコンフォメーション探索:MMFFによる配座異性体生成とクラスタリング」という記事では, RDKitに実装されているディスタンス・ジオメトリー法による配座発生 MMFFによる構造最適化と同一構造の除去 取得した多数のコンフォマーをDBSCANを用いてクラスタ...
2021.11.27
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計算化学の構造最適化の基本をpsi4で学ぶ

「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事ではpythonで扱える量子化学計算ソフトウェア「psi4」の紹介と,簡単なエネルギー計算のやり方を扱いました. その際に得られるエネルギーは 用いる計算レベルによってエネルギーの値が異なる 計算する構造によってエネルギー...
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計算化学にpythonとpsi4で入門

近年のコンピューターの高速化に伴い,実験化学者であっても高度な計算を手元の計算機で実行可能な環境が整いつつあります. 計算化学とは「コンピュータを使って化学の問題を解く」学問領域で, 分子力学法(MM) 分子軌道法(MO) 密度汎関数法(DFT) 分子動力学法(MD) モン...
2019.01.30
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【HOMA】計算化学で化合物の芳香族性を評価する【NICS】

芳香族とは不思議な化合物です.「芳香族」という呼び名は,19世紀ごろ知られていた芳香をもつ化合物の共通構造であったことに由来します.匂い(芳香)は芳香族化合物の特性ではありません. またベンゼン環は代表的な芳香環ですが,ベンゼン環を有することが芳香族である条件ではありません...
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分子モデルの種類:CPKから針金モデルまで

みなさんは2次元で書かれたものを頭の中で立体的に思い描くことが得意でしょうか?私も含めて,多くの人にとっては立体構造を頭の中で理解することは困難だと思います. ほとんどの化合物は3次元に広がっています.従って化合物の3次元構造を理解するために,立体化学を視覚化することはとても重...
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