01_計算化学

分子間の結合の生成やリガンドの受容体への結合を始めとする興味深い化学現象は分子同士の相互作用を駆動力として生じます．そのため分子間相互作用を理解することは重要であり，計算化学を用いることでその理解を深めることができます． 今回は２つの分子の会合体形成を例として，計算化学を用いてど...

「計算手法とエネルギー・最適化構造の関係：コンフォメーション探索における注意点」という記事では，psi4を用いて様々な計算手法を用いてエネルギー計算を行うことで， 計算手法によって考慮できる相互作用が異なる ことを説明しました。その結果 構造最適化できないことがある コンフォマー...

「RDKitを用いたコンフォメーション探索：MMFFによる配座異性体生成とクラスタリング」という記事では， RDKitに実装されているディスタンス・ジオメトリー法による配座発生 MMFFによる構造最適化と同一構造の除去 取得した多数のコンフォマーをDBSCANを用いてクラスタリン...

「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事ではpythonで扱える量子化学計算ソフトウェア「psi4」の紹介と，簡単なエネルギー計算のやり方を扱いました． その際に得られるエネルギーは 用いる計算レベルによってエネルギーの値が異なる 計算する構造によってエネルギーの値が...

近年のコンピューターの高速化に伴い，実験化学者であっても高度な計算を手元の計算機で実行可能な環境が整いつつあります。 計算化学とは「コンピュータを使って化学の問題を解く」学問領域で， 分子力学法（MM） 分子軌道法（MO） 密度汎関数法（DFT） 分子動力学法（MD） モンテカル...

芳香族とは不思議な化合物です．「芳香族」という呼び名は，19世紀ごろ知られていた芳香をもつ化合物の共通構造であったことに由来します．匂い（芳香）は芳香族化合物の特性ではありません． またベンゼン環は代表的な芳香環ですが，ベンゼン環を有することが芳香族である条件ではありません．実際...