化学の新しいカタチ

「計算化学における電荷：Psi4を用いた電子密度解析」という記事では，波動関数から得られる情報として電子密度解析のやり方を説明しました．今回は波動関数から得られる他の情報として，分子軌道や静電ポテンシャルなどの対象分子を中心とした3次元空間に広がる情報を取り扱っていきます．今回の...

「psi4で遷移状態最適化：計算化学における虚振動と化学構造」という記事では，python用量子化学計算ライブラリであるPsi4を用いた遷移状態構造の最適化について学び，唯一の虚振動を可視化することで望みの構造を繋ぐ遷移状態であることを確かめました．今回はIRC計算と呼ばれる計算...

「Psi4における振動数計算：IRスペクトルや異性体間のエネルギー差を計算」という記事では，python用量子化学計算ライブラリであるPsi4を用いた振動数計算について説明しました．その際，振動数計算は最適化構造を用いて実施する必要があることを述べました．振動数計算によって用いた...

これまで本ブログでは量子化学計算用のpythonライブラリであるPsi4について，「計算化学にPythonとPsi4で入門」や「計算化学の構造最適化の基本をPsi4で学ぶ」という記事を通じて計算のセットアップ方法エネルギー計算構造最適化計算をはじめとする基本的な使い方を説明してき...

計算化学では分子軌道を，構成原子の原子軌道の線形結合で表現します．これまでさまざまな原子軌道を表す関数が提唱されています．このような原子軌道を表す関数を基底関数（basis function）と呼び，その集まりを基底関数系（basis set）といいます．基底関数系は量子化学計算...

分子間の結合の生成やリガンドの受容体への結合を始めとする興味深い化学現象は分子同士の相互作用を駆動力として生じます．そのため分子間相互作用を理解することは重要であり，計算化学を用いることでその理解を深めることができます．今回は２つの分子の会合体形成を例として，計算化学を用いてどの...