01_計算化学

本ブログで量子化学計算エンジンとして利用しているPsi4は，GitHub上にてオープンソースで開発されています。「計算化学にPythonとPsi4で入門」という記事でも述べたように，オープンソースによる開発形式の一つの利点に，有志（ときに開発者自身）により最新の計算手法がすぐに実...

本ブログではオープンソースの量子化学計算ソフトPsi4を用いて，計算化学を基礎から説明しています。「計算化学の構造最適化の基本をPsi4で学ぶ」という記事で触れたように，Psi4では構造最適化エンジンとしてOptkingが採用されています。 Optkingのオプションを適切に設定...

自然科学関係の専門出版社であるコロナ社様よりお声がけ頂き，量子化学計算の初心者向け書籍「Pythonで動かして始める量子化学計算」を執筆しました。 話を頂いてから出版まで1年半以上も経ってしまいましたが，2024年3月15日より発売になっています。全国書店の実店舗ほか，コロナ社ウ...

本ブログでは「有機合成化学者のための計算化学入門」を掲げて，特にpythonを用いて量子化学計算を行う際に必要となる環境構築方法から解説してきました．例えば「計算化学にpythonとPsi4で入門」という記事では，pythonの量子化学計算用ライブラリであるPsi4のインストール...

「Psi4で溶媒効果を考慮する：PCM Solverの使い方」という記事では， 計算化学で溶媒効果を考慮する方法の一つとして連続誘電体モデル Psi4を用いてPCM Solverを使い，溶媒効果を考慮する方法 などについて紹介し，溶媒効果を考慮してどのように計算していくかを説明し...

これまで本ブログではpythonを用いて計算化学を学習するために，「計算化学にPythonとPsi4で入門」という記事から始め，いくつかの記事で量子化学計算用ライブラリPsi4の使い方を紹介してきました． これまでの計算は全て真空中での孤立分子を対象に行ってきました．このような限...

「計算化学における電荷：Psi4を用いた電子密度解析」という記事では，波動関数から得られる情報として電子密度解析のやり方を説明しました．今回は波動関数から得られる他の情報として，分子軌道や静電ポテンシャルなどの対象分子を中心とした3次元空間に広がる情報を取り扱っていきます． 今回...

「psi4で遷移状態最適化：計算化学における虚振動と化学構造」という記事では，python用量子化学計算ライブラリであるPsi4を用いた遷移状態構造の最適化について学び，唯一の虚振動を可視化することで望みの構造を繋ぐ遷移状態であることを確かめました． 今回はIRC計算と呼ばれる計...