01_計算化学 Psi4で3cコンポジット法を利用する
本ブログで量子化学計算エンジンとして利用しているPsi4は，GitHub上にてオープンソースで開発されています。「計算化学にPythonとPsi4で入門」という記事でも述べたように，オープンソースによる開発形式の一つの利点に，有志（ときに開発者自身）により最新の計算手法がすぐに実...
Tom
01_計算化学 
01_計算化学 Psi4の構造最適化でGeomeTRICを使う
本ブログではオープンソースの量子化学計算ソフトPsi4を用いて，計算化学を基礎から説明しています。「計算化学の構造最適化の基本をPsi4で学ぶ」という記事で触れたように，Psi4では構造最適化エンジンとしてOptkingが採用されています。Optkingのオプションを適切に設定す...
01_計算化学 量子化学計算の入門書を執筆しました
自然科学関係の専門出版社であるコロナ社様よりお声がけ頂き，量子化学計算の初心者向け書籍「Pythonで動かして始める量子化学計算」を執筆しました。話を頂いてから出版まで1年半以上も経ってしまいましたが，2024年3月15日より発売になっています。全国書店の実店舗ほか，コロナ社ウェ...
02_ケモインフォマティクス ESP-Simで分子の電子的性質に着目した類似性を評価する
「類似した化合物は似た性質を持つ（similar property principle）」ことから，我々は類似化合物に興味があります．そのためケモインフォマティクスでは化合物の類似性を評価する様々な手法が開発されてきました．もっともよく使われる手法は，「RDKitでフィンガープリ...
02_ケモインフォマティクス RDKitのxyz2molでケモインフォマティクスと計算化学の橋渡し
我々が化合物を扱う際に用いている構造式は，人間の目にはわかりやすいですがコンピュータにはわかりにくいものです．そのためコンピュータにわかりやすい形式で化合物を表現してあげることが重要となりますが，用途によって望ましい形式が変わってきます．例えばケモインフォマティクスのように分子を...
01_計算化学 Google ColabでPsi4：量子化学計算用のpython環境を手軽に構築
本ブログでは「有機合成化学者のための計算化学入門」を掲げて，特にpythonを用いて量子化学計算を行う際に必要となる環境構築方法から解説してきました．例えば「計算化学にpythonとPsi4で入門」という記事では，pythonの量子化学計算用ライブラリであるPsi4のインストール...
01_計算化学 Psi4で溶媒の直接関与を考慮する
「Psi4で溶媒効果を考慮する：PCM Solverの使い方」という記事では，計算化学で溶媒効果を考慮する方法の一つとして連続誘電体モデルPsi4を用いてPCM Solverを使い，溶媒効果を考慮する方法などについて紹介し，溶媒効果を考慮してどのように計算していくかを説明しました...
01_計算化学 Psi4で溶媒効果を考慮する：PCM Solverの使い方
これまで本ブログではpythonを用いて計算化学を学習するために，「計算化学にPythonとPsi4で入門」という記事から始め，いくつかの記事で量子化学計算用ライブラリPsi4の使い方を紹介してきました．これまでの計算は全て真空中での孤立分子を対象に行ってきました．このような限定...