化学

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RDKitで立体的な分子の形を記述する

「RDKitのおける記述子の扱い方をリピンスキーのルール・オブ・ファイブを通して学ぶ」という記事では,分子の性質を表現する指標として記述子(デスクリプター)について説明し,RDKitを用いて実際に計算を行ってみました.その際に扱った記述子は分子量や水素結合ドナーの数など,2次元の...
2018.10.16
化学

RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ

pythonでケモインフォマティクスを行う際の定番であるRDKitについて,これまで4つのエントリーに分けて基礎から使い方を説明してきました. RDKitでケモインフォマティクスに入門 RDKitの分子Molオブジェクトを扱う RDKitによる3次元構造の生成 RDKitによ...
化学

RDKitによるコンフォマーの生成

「RDKitによる3次元構造の生成」という記事ではSMILESなどから作成したMolオブジェクトから,どのように3次元構造を作り出すかを学びました.その際にRDKitに実装されているアルゴリズムはランダム(stochastic)な手法であるディスタンス・ジオメトリー法を基にしてい...
2019.08.18
化学

RDKitによる3次元構造の生成

「RDKitの分子Molオブジェクトを扱う」という記事では,RDKitの分子であるMolオブジェクトを用いて2次元構造の取得と描画方法について学んできました.今回はそれを3次元構造へと展開していきます. ほぼ全ての分子は立体的な性質を持ちますから,分子を3次元で考えることは大切...
2019.08.17
化学

RDKitの分子Molオブジェクトを扱う

「RDKitでケモインフォマティクスに入門」という記事では,RDKitの分子であるMolオブジェクトの作成方法を中心に学習しました.今回はそのMolオブジェクトに対してどのような操作が行えるかを学んでいきます. 必要なライブラリのインポート まずは必要なライブラリをimpor...
2018.08.04
化学

RDKitでケモインフォマティクスに入門

ケモインフォマティクスとは化学情報学とも呼ばれる分野で,コンピュータ・情報科学を用いて化学上の問題を取り扱う学問領域になります.そのためにはコンピュータで化合物の構造・性質などを取り扱う必要がありますが,人間とコンピュータでは化合物の認識方法が異なってきますので,専用のソフトウェ...
2019.12.08
python

化合物データベースPubChemをpythonで使いこなす

これまでに非常に多くの化合物が単離または合成されており,その化学的性質に関する膨大な知見が蓄積されています.これら化合物の情報を一カ所に集めたものが化学データベースになります.今回とりあげるPubChemもそういったデータベースのうちの1つです. この記事ではpythonを使っ...
2018.09.10
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