化学

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RDKitでRECAPを用いた分子のフラグメント化

数多くの化合物からライブラリーを構築する際には, なるべく幅広い生理活性をカバーできるように多様性に富んだ化合物で構築する 既に見出した生理活性化合物の近傍の化合物で構築する といった考え方があります.前者の場合には「ケモインフォマティクスで多様なライブラリーを構築する」...
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XYZ形式とZ-マトリックスは分子の立体構造を表す入力フォーマット

ほとんどの分子は3次元空間に広がった立体構造を有していますので,分子の3次元構造を表記することが重要になります.そのために使われる表現方法として大きく 直交座標系に沿った表現 内部座標に基づいた表現 の2つの座標系の取り方が考えられます.今回はこの2つの方法について見てい...
2019.01.04
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RDKitでフィンガープリントの可視化

分子全体の特徴を表現する方法として,「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事では分子のフィンガープリントを導入し,タニモト係数を用いて類似性の評価などに利用可能であることを述べました.またRDKitで用いることのできるフィンガープリントの種類についても...
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RDKitで化学反応:ケモインフォマティクスにおける反応式の扱い方

当サイトではこれまで多数の記事でケモインフォマティクス用のライブラリであるRDKitの使い方を説明してきました.これまで扱った内容は化合物の表現方法,構造,性質をはじめとして多岐にわたりますが,主に化合物1つ1つを,時には集団として,どのように扱うかに焦点を当ててきました. 今...
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RDKitのPandasToolsでデータ分析を加速する

当サイトでは「有機合成化学者のためのケモインフォマティクス入門」を掲げています.高価なソフトを使うこと無く学習をはじめられるように,これまでpythonのケモインフォマティクスライブラリである「RDKit」の解説を,「RDKitでケモインフォマティクスに入門」という記事から10回...
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Open Babelを使って化学情報のファイル形式を変換

ケモインフォマティクスではコンピュータで化学構造を扱います.我々が普段扱っている構造式はコンピュータに優しくないため,必然的に別のフォーマットに変換して処理させることになります. 「MOLファイル・SDFとはどんな化学情報ファイルなのか?」という記事では「コネクションテーブル」...
2018.11.10
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SMILES記法は化学構造の線形表記法

我々が普段使っている化学構造式は,コンピュータにとっては理解しにくいものです.そのため,コンピュータ上で構造情報を扱う際には,コンピュータに優しい方法に構造情報を変換したうえで扱う必要があります. 「MOLファイル・SDFとはどんな化学情報ファイルなのか?」という記事では,その...
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MOLファイル・SDFとはどんな化学情報ファイルなのか?

我々の目はモノの形やパターンを読み取る能力に優れています.化学者が用いる構造式は人間の目で理解しやすいように設計された分子の表現です.例えば下のアスピリンの構造式を見るだけで,化学者は多くの情報を瞬時に理解できます. ところがコンピュータにとってはこのような構造式の画像フ...
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