化学

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計算化学の構造最適化の基本をpsi4で学ぶ

「計算化学にpythonとpsi4で入門」という記事ではpythonで扱える量子化学計算ソフトウェア「psi4」の紹介と,簡単なエネルギー計算のやり方を扱いました. その際に得られるエネルギーは 用いる計算レベルによってエネルギーの値が異なる 計算する構造によってエネルギー...
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計算化学にpythonとpsi4で入門

近年のコンピューターの高速化に伴い,実験化学者であっても高度な計算を手元の計算機で実行可能な環境が整いつつあります. 計算化学とは「コンピュータを使って化学の問題を解く」学問領域で, 分子力学法(MM) 分子軌道法(MO) 密度汎関数法(DFT) 分子動力学法(MD) モン...
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ケモインフォマティクスで使われるファイル形式と化合物の描画方法

ケモインフォマティクスにおいてコンピュータで化合物を扱うためには,コンピュータが理解しやすい形式で化合物情報を伝える必要があります. 通常我々が使っている構造式は,人間の眼には視覚的にわかりやすい表現方法ですが,コンピュータにとってはわかりにくいため,別の表現方法が必要になりま...
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【HOMA】計算化学で化合物の芳香族性を評価する【NICS】

芳香族とは不思議な化合物です.「芳香族」という呼び名は,19世紀ごろ知られていた芳香をもつ化合物の共通構造であったことに由来します.匂い(芳香)は芳香族化合物の特性ではありません. またベンゼン環は代表的な芳香環ですが,ベンゼン環を有することが芳香族である条件ではありません...
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ケモインフォマティクスとLogP計算:CLogPのCは”calculated”ではありません

化合物の脂溶性は溶解性をはじめ,吸収・代謝などの薬物動態にも大きな影響を与える要素です.化合物の脂溶性を表す記述子はこれまでにいくつか知られていますが,最も用いられているものはオクタノール/水分配係数,logPです. LogPのPは分子の有機層(オクタノール層)と水層中の平...
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RDKitで化合物の芳香族度合を示す分子記述子を計算する

分子記述子とは分子の性質を決める指標のことです.特にケモインフォマティクスの分野では分子の構造から導くことが可能なものを記述子と呼ぶことが多いです. 一般的には,複数の記述子の組み合わせによって生理活性などの実験データを理解・予測するモデル(QSARモデル)の作成が記述子を用い...
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RDKitで天然物らしさをスコア化して化合物ライブラリーの指標にする

創薬化学の歴史において天然物は非常に重要な位置を占めています.現在でも多くの薬は天然物やその誘導体です. そのため過去には大手製薬会社は「天然物化学」部門を所有していましたが,スループットの低い天然物のスクリーニングは徐々に採算が合わなくなって閉鎖に追い込まれていきました....
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RDKitでFraggleを用いた化合物の類似度評価

我々が分子の類似性を評価する際には,「RDKitでフィンガープリントを使った分子類似性の判定」という記事で見たように分子のフィンガープリントを基にしたタニモト係数で評価することが多いです. この方法自体には問題があるわけではありませんが,何をもって「似ている」とするかは場合...
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